En un fallo de suma importancia, la Sala Penal de la Corte Suprema revocó el sobreseimiento definitivo por amnistía con que en marzo de 2004 una jueza favoreció al brigadier (R) del Ejército Víctor Pinto Pérez, procesado por el homicidio del reservista de la Escuela de Infantería, Manuel Rojas Fuentes.
Este fallo tiene una tremenda significación, ya que es prácticamente una derogación tácita de la Ley de Amnistía. En abril de 1978, el gobierno militar encabezado por el general Augusto Pinochet, implantó una medida de amnistía mediante la promulgación del Decreto Ley Nº 2191, que prohíbe el procesamiento de individuos involucrados en ciertos actos criminales cometidos entre el 11 de septiembre de 1973 y el 10 de marzo de 1978. Éste fue el periodo en el que estuvo en vigor el estado de sitio, caracterizado por violaciones sistemáticas y generalizadas de los derechos humanos, entre ellas actos de tortura, desapariciones y ejecuciones extrajudiciales cometidas por las fuerzas de seguridad chilenas. Aunque la Ley de Amnistía benefició también a varios cientos de presos políticos que quedaron en libertad, Amnistía Internacional y la Comisión Internacional de Juristas consideran que esta ley constituyó, en realidad, una maniobra del gobierno militar para proteger a sus propios integrantes de la posibilidad de ser enjuiciados en el futuro por la comisión de violaciones de derechos humanos.
Anular la ley de amnistía y llevar a la justicia a todas las personas responsables de graves abusos, y dar a supervivientes y familiares de las víctimas reparaciones integrales, es clave para que el pueblo chileno pueda cerrar sus heridas y mirar hacia un futuro sin violaciones de los derechos humanos..
El informe de la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura, divulgado durante el gobierno de Lagos, deja muy claro la magnitud y crueldad con que se aplicó la tortura a hombres, mujeres y niños "como política de Estado" durante la dictadura de Augusto Pinochet.

El documento, que contenía 35.860 testimonios, denuncia prácticas como violaciones, zoofilia, aplicación de electricidad, golpes, humillaciones y simulacros de fusilamiento.
Los años de gobierno de Augusto Pinochet dejaron un legado sangriento en Chile. Romper con ese pasado significa brindar reparaciones integrales a las miles de personas que en Chile continúan viviendo bajo la sombra de ese legado; esa reparación debe incluir la justicia que hasta ahora se ha negado.
El fallo de la Sala Penal que de manera unánime anuló el sobreseimiento total aplicado en el caso del conscripto Manuel Rojas Fuentes es la última muestra de un nuevo criterio del máximo tribunal, que se expresó por primera vez en la condena a la cúpula de la DINA por el caso del mirista Miguel Ángel Sandoval Rodríguez, en noviembre de 2005; y que se amplió luego del fallo de la Corte Interamericana de Derechos Humanos que pidió la anulación del decreto exculpatorio de 1978 en la investigación del profesor Luis Almonacid Arellano, en octubre de 2006.

En fuentes de tribunales trascendió que los integrantes Segunda Sala del máximo tribunal acordaron aplicar un criterio común en los casos de violaciones a los derechos humanos que llegan a su conocimiento, con la idea de crear jurisprudencia en el tema, razón por la cual es muy poco probable que se vuelva a aplicar la Ley de Amnistía de 1978 para exculpar a los involucrados en violaciones a los derechos humanos.
El criterio también desestimaría la aplicación de las figuras de la cosa juzgada y la prescripción, ya que se consideran que los Convenios de Ginebra están plenamente vigentes en el país, pese a que no se han incorporado formalmente a la legislación chilena, al formar parte del denominado “derechos de las gentes”, establecido por Naciones Unidas a nivel internacional y que no requiere el consentimiento formal de los Estados miembros de la organización internacional.
Respecto de la aplicación de la Ley de Amnistía, el fallo es claro al asegurar que no se puede aplicar en el país, ya que la propia dictadura militar reconoció la vigencia de los Convenios de Ginebra al establecer en el país el Estado de Guerra, luego del golpe militar de 1973.
Aludiendo a la argumentación de la jueza María Estela Elgarrista que sobreseyó a Pinto Pérez, los ministros expusieron que “No es dable que los mismos que se asilaron en las ventajas que les concedía la referida declaración de estado de guerra (...) pretendan desconocer su valor para ignorar las sanciones que imponen los tratados de Ginebra”.
Calificando la conducta de la dictadura en materia de represión, la sala sostuvo que “por graves que puedan ser ciertas acciones y por culpables los responsables de determinados ilícitos, no cabe admitir que el poder pueda ejercerse sin límite alguno, o que el Estado pueda valerse de cualquier procedimiento para alcanzar sus objetivos, sin sujeción al derecho o a la moral”.
Refiriéndose a la amnistía, los magistrados afirmaron que este beneficio se orienta en el fin de un conflicto interno de un país “a favorecer a los vencidos en manos de quienes controlan el poder del Estado, facilitando el reestablecimiento de la paz social”. Por el contrario, manifestaron que “la amnistía no puede ser utilizada en casos de delitos de guerra ejecutados por agentes oficiales u oficiosos del Estado, al amparo del ejercicio de un poder incontrolado”.

Con la aplicación de este criterio por el máximo tribunal prácticamente se haría innecesaria la dictación de una ley que derogue o anule la Ley de Amnistía de 1978, ya que los magistrados no están aplicando estas normas y juzgando los hechos de acuerdos a los preceptos del Derecho Internacional sobre graves violaciones a los derechos humanos
El fallo del reservista Manuel Rojas Fuentes llama la atención que no estuvo presente el ministro Alberto Chaigneau del Campo y firme partidario de los Convenios de Ginebra e impulsor del criterio favorable a los derechos humanos en el máximo tribunal del país; y que además los ministros Nibaldo Segura Peña y Rubén Ballesteros Cárcamo que anteriormente se han manifestado a favor de la Ley de Amnistía modificaron su criterio.
De esta manera los crímenes de la dictadura no quedarán impunes, y la justicia chilena se está colocando en la senda de la verdadera justicia, que sin embargo jamás llegó para el principal asesino y culpable de nuestra mayor tragedia nacional, Pinochet.